功能介绍
在生存分析领域,加速失效时间模型(accelerated failure time model,AFT 模型)可以作为比例风险模型的替代模型。AFT模型将线性回归模型的建模方法引人到生存分析的领域, 将生存时间的对数作为反应变量,研究多协变量与对数生存时间之间的回归关系,在形式上,模型与一般的线性回归模型相似。对回归系数的解释也与一般的线性回归模型相似,较之Cox模型, AFT模型对分析结果的解释更加简单、直观且易于理解,并且可以预测个体的生存时间。
参数说明
名称 |
中文名称 |
描述 |
类型 |
是否必须? |
默认值 |
censorCol |
生存列名 |
生存列名 |
String |
✓ |
|
maxIter |
最大迭代步数 |
最大迭代步数,默认为 100 |
Integer |
|
100 |
epsilon |
收敛阈值 |
迭代方法的终止判断阈值,默认值为 1.0e-6 |
Double |
|
1.0E-6 |
withIntercept |
是否有常数项 |
是否有常数项,默认true |
Boolean |
|
true |
labelCol |
标签列名 |
输入表中的标签列名 |
String |
✓ |
|
vectorCol |
向量列名 |
向量列对应的列名,默认值是null |
String |
|
null |
featureCols |
特征列名数组 |
特征列名数组,默认全选 |
String[] |
|
null |
l1 |
L1 正则化系数 |
L1 正则化系数,默认为0。 |
Double |
|
0.0 |
l2 |
正则化系数 |
L2 正则化系数,默认为0。 |
Double |
|
0.0 |
|
脚本示例
脚本代码
data = np.array([[1.218, 1.0, "1.560,-0.605"],\
[2.949, 0.0, "0.346,2.158"],\
[3.627, 0.0, "1.380,0.231"],\
[0.273, 1.0, "0.520,1.151"],\
[4.199, 0.0, "0.795,-0.226"]])
df = pd.DataFrame({"label":data[:,0], "censor":data[:,1],"features":data[:,2]})
data = dataframeToOperator(df, schemaStr="label double, censor double, features string",op_type="batch")
trainOp = AftSurvivalRegTrainBatchOp()\
.setVectorCol("features")\
.setLabelCol("label")\
.setCensorCol("censor")
model = trainOp.linkFrom(data)
predictOp = AftSurvivalRegPredictBatchOp().setPredictionCol("pred")
predictOp.linkFrom(model, data).collectToDataframe()
脚本运行结果
模型结果
model_id |
model_info |
label_value |
0 |
{“hasInterceptItem”:”true”,”vectorCol”:”\”features\””,”modelName”:”\”AFTSurvivalRegTrainBatchOp\””,”labelCol”:null,”linearModelType”:”\”AFT\””,”vectorSize”:”3”} |
NULL |
1048576 |
{“featureColNames”:null,”featureColTypes”:null,”coefVector”:{“data”:[2.6373721387804276,-0.49591581739360013,0.19847648151323818,1.5469720551612485]},”coefVectors”:null} |
NULL |
预测结果
label |
censor |
features |
pred |
0.273 |
1.0 |
0.520,1.151 |
13.571097451777327 |
1.218 |
1.0 |
1.560,-0.605 |
5.718263596902868 |
3.627 |
0.0 |
1.380,0.231 |
7.380610641992667 |
4.199 |
0.0 |
0.795,-0.226 |
9.009354073821902 |
2.949 |
0.0 |
0.346,2.158 |
18.067188679653064 |